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ocinside 
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Die einfachste Lösung wäre sicherlich, ein Backup Tool mit entsprechender Funktionalität zu verwenden. Ist halt die Frage, ob es das ist, was du dir so vorstellst, um weiterhin deine "volle Kontrolle über alles" zu behalten. Letztendlich wäre es aber sicherlich die einfachste Lösung, um eine ständige Überprüfung beider Dateizustände zu haben.
Für große Dateien gab es damals z.B. bei TeraCopy auch eine Prüfsummen Funktion, das wäre dann im Grunde eine Lösung ohne klassisches "Backup Tool". Allerdings habe ich schon länger nicht mehr damit gearbeitet und kann dir nicht sagen, ob die das Tool sehr verschlimmbessert haben. Wenn es nicht um eine Archivierung der Prüfsummen, sondern um den reinen Vergleich der Dateien bei der Kopie geht, wäre vielleicht sogar Total Commander eine interessante Lösung, da es auch mit Kommandozeilenparametern angesteuert werden kann. Aber dies gelingt dir sicherlich auch mit SyncToy bzw. rsync und aktivierter checksum Funktion.
Alternativ kannst du dir das aber auch alles manuell in einer kleinen Batch zusammenprogrammieren, wo du jede Prüfsumme abspeicherst und dann regelmäßig diese miteinander vergleichst. Ist halt nur die Frage, ob bei einer riesen Anzahl der zu vergleichenden Dateien nicht doch eine Datenbank besser, sicherer und schneller wäre, als ein klassisches Logfile.
Oder du beschränkst dich auf wichtige Files, wovon es dann ja meist nicht allzu viele kleine Files gibt oder du fasst die kleinen Files doch in einem komprimierten File zusammen und vergleichst dann hiervon die Prüfsummen.
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